La storia di Corniglia risale al periodo pre-romanico. Ci sono tracce di insediamenti paleolitici documentati sull'Isola Palmaria. Le tribú liguri rappresentarono in seguito un tenace ostacolo alla colonizzazione romana che tuttavia avvenne. Il nome Corniglia infatti deriva da Cornelius, un colono romano e proprietario di vigneti molto rinomati. Le prime tracce documentate dell'esistenza della Gens Cornelia sono alcune anfore di vino ritrovate a Pompei. Durante il periodo medioevale il territorio delle Cinque Terre subí la dominazione dei conti di Lavagna, dei Carpena, dei Da Passano e infine dei Fieschi. Ufficialmente passeranno sotto il controllo di Genova nel 1276. Nel 1525 Corniglia fu attaccata dal pirata ottomano Dragut che rapí uomini donne e bambini come fatto pochi giorni prima a Monterosso. Sono ancora visbili tracce di fortificazioni volute dalla popolazione per l'avvistamento dei possibili pericoli provenienti dal mare.